مجلد سوم هزاره‌های گمشده، با دو بخش تفصیلی به برآمدن خشیارشا تا فروپاشی هخامنشیان تخصیص یافته است.
بخش نخست، مشتمل بر ده فصل و یک افزوده، ناظر است بر فرمانروایی خشیارشا، اردشیر اول، خشیارشای دوم، سغدیان، داریوش دوم، کورش صغیر، اردشیر دوم، اردشیر سوم، اوسس (رشا)، داریوش سوم، و حمله‌ی اسکندر. این بخش به جز موفقیتی که در ترسیم سیمای به‌نسبت روشن این پادشاهان کسب کرده است، بر همه‌ی جنگ‌های خارجی و شورش‌های داخلی – اعم از جنگ‌های یونان و آسیای صغیر و آسیای مقدم و مصر و قبرس و سرزمین کادوسیان و شورش‌های مصریان و بابلیان و بغبوخش و ارسیتس و پیسوتنس – درنگ تحلیلی و ضرور کرده و همه‌ی منابع مکتوب و دیرینه‌شناسانه‌ی این دوران را کاویده و نیز بر حرم‌سراها و کاخ‌ها – به ویژه بر تخت‌جمشید و عمارات وابسته‌ی آن- نگاهی پرده‌در و موشکاف داشته است. نقد تاریخی گزارش‌های روشن یا مبهم تاریخ نگاران بیگانه – از جمله هرودوت و کزنفون و پلوتارخ – از دیگر وظایفی است که این بخش به برجستگی پیروزگر آن است.
بخش دوم که در واقع بررسی تحلیلی مناسبات بخش نخست است، با عناوین فرمانروایان شاهنشاهی هخامنشی، نشانه‌های فرمانروایی، زندگی شاهانه، دربار، شورای مشورتی دربار، ساتراپ‌ها و ساتراپی‌ها، دیوان اداری، نظام مالیاتی، خزانه‌ی شاهی، انبارشاهی، چگونگی راه‌ها و اطلاع‌رسانی، دادگری و دادگستری، آموزش و پرورش، سپاه هخامنشی، واژه‌ی ارتش، جنگ افزارها، نیروی دریایی، آرایش نظامی، پرچم، مردم، اقتصاد و اجتماع، اوزان، مقادیر و پول، قیمت‌ها، دست‌مزدها، طبقات اجتماعی، زنان، دین، اسب و فرهنگ آن، بافندگی، آرایش و پوشش، هنر و عناوینی از این دست بر سایه‌روشن‌هایی دست یافته است که کم‌تر تاریخی را یارای دیدنشان هست. این بخش با افزوده‌ای زیر نام «نخستین رساله‌ی تاریخی ایرانیان» عین متن سنگ‌نبشته‌ی بیستون و دیگر سنگ نبشته‌های هخامنشیان را در تخت‌جمشید و نقش رستم و شوش و کانال سوئز و وان با ترجم‌ای رسا و سحرآمیز ارائه کرده است. گفتنی است که خواننده در سراسر این مجموعه با مبحث تازه‌ای روبه‌رو خواهد شد تحت عنوان حاشیه‌ای بر تاریخ. این حواشی که بس دل‌نشین و جذاب نیز هستند. از جان و قلمی برخاسته‌اند که عمری را بر ایران‌شناسی فرسوده است. امید که اقبال همگان را برانگیزد.